Han pasado 10 años y el famoso asesino Hitokiri Battosai a vuelto a aparecer intentando derrocar un gobierno que ha traído paz a todo el Japón en esta nueva Era Meiji. El antiguo capitán de los Shinshengumi Saito Hajime haciéndose pasar por oficial de la policía japonesa descubre quien está realmente detrás de esta nueva ola de asesinatos al poner preso a un vagabundo con una peculiar marca en forma de cruz en su mejilla. Es así como estos dos antiguos Ronins o samuráis unen sus fuerzas para acabar con este nuevo mal que acecha el país. 
